La biblioteca del Centro Pro Unione è una biblioteca specializzata in studi ecumenici. Fu costituita alla fine del 1969.

La biblioteca possiede circa 23.300 volumi e 400 periodici. Essa offre agli studiosi una cospicua collezione di teologia ecumenica, storia del movimento ecumenico e del World Council of Churches, storia del Concilio Vaticano Il e consistenti sezioni dedicate alla teologia, liturgia. sloria e spiritualità delle confessioni cristiane, oltre ad una documenlazione pressoché completa sui dialoghi teologici interconfessionali.

La biblioteca cura anche la compilazione della bibliografia relativa ai dialoghi teologici interconfessionali pubblicato nel Bollettino Semi-Annuale.

La bibliografia conta attualmente oltre 32.500 records, è aggiornata quotidianamente e ricercabile nel catalogo online.

Nel 1991 la biblioteca ha aderito alla associazione URBE, la rete delle biblioteche delle maggiori università pontificie di Roma, e dal 2003 è membro di ATLA (American Theological Library Association).